Dondurulmuş Deniz Ürünlerinde Vibrio spp.’nin İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) Yöntemiyle Belirlenmesi

Abstract

Araştırmada, deniz ürünlerinde halk sağlığı bakımından yüksek riskli olarak tanımlanan Vibrio parahaemolyticus, V. vulnificus ve V. cholerae’nın varlığının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla örneklerde etken tespiti için hızlı ve etkin bir yöntem olan İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) metodu kullanıldı. Araştırma materyali olarak farklı satış noktalarından temin edilen dondurulmuş deniz ürünleri kullanıldı (n=212). Örneklerde klasik kültür yöntemiyle etken izolasyonu için ISO / TS 21872-1:2007 ve ISO 21872-2:2007 yöntemleri uygulandı. Elde edilen şüpheli izolatlarda gerçekleştirilen DNA ekstraksiyonu sonrasında genus spesifik PCR reaksiyonuyla gyrB1 gen bölgesi hedeflenerek Vibrio spp. varlığı doğrulandı. Pozitif örneklere V. parahaemolyticus, V. vulnificus ve V. cholerae için sırasıyla toxR, vvhA ve ompW hedef gen bölgelerine yönelik LAMP primer setleri kullanılarak turbidite bazlı Real-Time LAMP uygulandı. Araştırma bulguları değerlendirildiğinde, klasik kültürel yöntemle örneklerin %16.98’inde (36/212) Vibrio spp. kontaminasyonu olduğu belirlendi. Bununla birlikte Vibrio spp. pozitif izolatlarda LAMP reaksiyonu bulgularına göre V. cholerae varlığı tespit edilemezken V. parahaemolyticus ve V. vulnificus kontaminasyon düzeyleri ise sırasıyla %36.1 (13/36) ve %5.5 (2/36) olarak saptandı. Bu çalışma, dondurulmuş muhafaza uygulanarak satışa sunulan deniz ürünlerinde V. parahaemolyticus ve V. vulnificus gibi patojenik suşların varlığının tespiti ve bu gıdaların vibriosis bakımından önemini ortaya koymaktadır. Bu bağlamda deniz ürünlerinde dondurulmuş muhafaza öncesi mikrobiyal kalitenin ve muhafaza esnasındaki koşulların ve hijyenik standartların oluşturulmasının önemli olduğu düşünülmektedir.